As águas superficiais não penetram no solo, acumulam-se na superfície, escoam e dão origem a rios, riachos, lagoas e córregos. Por esta razão, elas são consideradas uma das principais fontes de abastecimento de água potável do planeta.
Os rios são cursos naturais de água que se deslocam de acordo com a configuração do relevo. Suas águas sempre irão percorrer de um ponto mais alto em direção a um ponto mais baixo do relevo.
O território de Flores da Cunha é banhado por seis rios: Rio São Marcos, das Antas, Tega, Schuelo, Patchega e Curuzu. Ao leste do município de Flores da Cunha, o Rio São Marcos faz divisa com o município que leva o nome do rio.
Na parte norte, o Rio das Antas faz divisa com o município de Antônio Prado. No território sul, o Rio Tega divide Flores da Cunha e Caxias do Sul. O Rio Schuelo nasce no bairro Nova Roma e deságua no Rio São Marcos.
O Rio Patchega nasce no Travessão 7 de Setembro e deságua no Rio São Marcos. A nascente do Rio Curuzu está localizada em São Gotardo, percorre o bairro Pérola até chegar à localidade da Linha 80, onde passa a se chamar Rio Linha 80, e sua foz (local onde o rio desemboca) no Rio Tega na localidade de Mato Perso.
Os rios de Flores da Cunha fazem parte da Bacia Hidrográfica Taquaria-Antas. A bacia abrange parte dos campos de cima da serra e região do Vale do Taquari, com predomínio de agropecuária, e a região colonial da Serra Gaúcha, caracterizada por intensa atividade industrial.